Hongerige walvisvaarders en zeerovers, losgelaten en ontsnapte honden, katten, ratten, varkens en geiten hebben op veel eilanden van de Galàpagos archipel onherstelbare schade aangericht door het eten van eieren van vogels en schildpadden, jonge en volwassen dieren en de schaarse vegetatie. Sommige inheemse en unieke diersoorten zijn daardoor voorgoed verdwenen. In de afgelopen decennia hebben de autoriteiten kans gezien om de meeste eilanden rigoreus te ontdoen van schadelijke nieuwkomers.
In de eerste fase van de uitroeïngscampagne werden locale jagers ingezet, soms voorzien van speciaal uit Nieuw Zeeland geïmporteerde jachthonden.
Zo lukte het om op het eiland Santiago bijvoorbeeld, zo’n 80 procent van de geiten op te ruimen. Maar kleine groepjes wisten steeds te ontsnappen naar onbegaanbare gebieden of hielden zich schuil in dicht struikgewas. Om ook deze laatste dieren te pakken te krijgen werden helicopters met jagers ingezet en zelfs werden gesteriliseerde geiten met radiozenders gedropt. Geiten zijn kuddedieren en binnen de kortste keren verraadden de gezenderde dieren hun soortgenoten.
Ten slotte werden gesteriliseerde en met hormonen bewerkte geiten losgelaten, die vanwege hun grote aantrekkelijkheid als onweerstaanbare ‘femmes fatales’ alle aandacht trokken van de bokken.
De succesvolle campagne kostte 1,4 kogel per gevelde geit.

De schade kan soms zelfs heel onverwacht uitpakken: door de grootschalige vraat door geiten bleef er voor de nesten van reuzenschildpadden te weinig schaduw over. Het resultaat was te warme eieren en – omdat bij veel reptielen het geslacht van de nakomelingen door de broedtemperatuur wordt bepaald – een overmaat aan vrouwelijke dieren. Dat geeft natuurlijk onrust. Anderzijds zijn er in sommige streken nog maar zo weinig dieren over dat de meermalen werd waargenomen dat gefrustreerde volwassen reuzenschildpadmannetjes een jong mannetje of zelfs afgeronde brokken bazalt bestegen. Daarentegen is ze wel een lang leven gegund, niet onmogelijk dat er nog 200 kilogram zware reuzen leven die in hun jeugd de jonge Darwin nog hebben gezien toen deze in 1835 de eilanden aandeed.

Bepaald bedreigend is natuurlijk ook de bevolkingsexplosie en de grote aantallen belangstellende toeristen: in twintig jaar tijd is de bevolking verviervoudigd tot 30.000 inwoners en het aantal toeristen dat de eilanden aandoet bedroeg in 2006 al 140.000. De autoriteiten doen er gelukkig alles aan om de toeristenstroom aan straffe regels te binden, opdat de unieke flora en fauna van dit Werelderfgoed zo min mogelijk hebben te lijden van vervuiling en verstoring. Bepaald schadelijk is echter de illegale visserij rond de eilanden.

Maar soms komt het gevaar uit wel erg onverwachte hoek. Door meereizende insecten kunnen allerlei parasieten worden overgebracht naar plekken en diersoorten waar ze vroeger onbekend waren. De Hawaïeilanden hebben hier al op traumatische wijze kennis mee gemaakt. Zo wordt op dit moment de op de Galapagos eilanden inheemse vogelwereld bedreigd door vogelmalaria. Een van de vliegende injectiespuiten, die de eencellige parasiet kan overbrengen, een brakwaterminnende mug, heeft zich al op de eilanden genesteld. Dan begrijpt u meteen waarom tijdens de reis nu en dan plotseling een stewardess of matroos met de spuitbus uw bagage, luchtwegen en kapsel te lijf gaat. Reden ook waarom de schepen, die de eilandengroep aandoen, niet ’s avonds – dus verlicht en daarmee een aantrekkelijk object voor insecten – het vaste land verlaten.